Essa ha il compito di deliberare il programma e tutte le attività da svolgere nell’Euregio. Inoltre adotta ogni atto non riservato agli altri organi e dispone quant’altro occorra per il buon funzionamento del GECT.
Uno dei tre governatori ricopre la carica di Presidente del GECT, che viene alternata tra le tre regioni ogni due anni, come espressione di uguaglianza tra i membri. L’attuale Presidente della Giunta dell’Euregio è Arno Kompatscher, Presidente della Provincia autonoma di Bolzano.